Зависит от процессора и скорости диска
MKV — это контейнер. То есть, по сути, это коробка в которой лежат видео, аудио, субтитры главы и т.д. Программа ничего не кодирует, она просто добавляет или удаляет от туда то, что вы укажите. Как, к примеру, распаковать или запаковать архив.