1) Попробовать перекинуть системный диск на другой конец винта, полностью форматнув перед этим всё пространство для удаления возможных софтбедов.
2) Установить нормальную систему, не зверь и не филку, а чистый MSDN или лицензионный образ.

Если не помогает - проверить поверхность винта на скорость чтения и тогда думать дальше.